根据工作需要和实际情况，巩义市司法局内设办公室、依法行政监督科、行政复议应诉工作科、普法和依法治理科、律师管理和司法鉴定科、公共法律服务科、基层工作指导科、社区矫正管理科8个职能科室和20个基层司法所。

所属事业单位有一个，是巩义市法律援助中心（巩义市公证处）。